Bár sokan automatikusan a növényekhez sorolnák őket, valójában a gombák saját országot alkotnak a rendszertanban.
Mivel régebben a gombákat élettani és morfológiai (alaktani) jellemzőik alapján rendszertanilag a növényekhez sorolták, ezért elnevezésük és felosztásuk a növényekét követi – ezt a rendszert a tudósok a 2000-es években kezdték el átdolgozni, az újfajta vizsgálatok (pl. a DNS szekvenciák megállapítása) segítségével.
Valójában azonban a gombák sokkal közelebb állnak az állatokhoz, lévén heterotrófok, vagyis szénszükségletüket szerves anyagokból, energiaszükségletüket pedig kémiai anyagokból fedezik. A modern (és egyre több tért nyerő) filogenetikai (vagyis eredet szerinti) megközelítésben is közös csoportot alkotnak az állatokkal Opisthokonta néven, hiszen közös rendszertani őstől származnak. Meglepetések azonban még mindig érhetnek minket: becslések szerint jelenleg a létező gombafajoknak csupán körülbelül 5%-át ismerjük.
A praktikus megközelítésben, például az élelmiszerek felosztásában általában külön csoportot alkotnak, bár sok helyen sorolják őket a fűszerek vagy a zöldségek közé. A Super Mario Bros. nevű, klasszikus videójáték-sorozatban előforduló gombák varázstárgynak számítanak. A narancs alapon piros pettyes Super Mushroomtól Mario megnő, Super Marióvá alakul, és ilyen formájában extra képességeket kap. A zöld alapon fehér pöttyös 1-up gomba extra életet ad a játékosnak.